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ggsave(paste0("./results/1c", ".png"), dpi=300)
}
```
### Anteil der rein konservativ (= medikamentös) behandelten Fälle an allen Urolithiasis-Fällen
***Annahme***
*Der Anteil der rein konservativ behandelten Fälle entspricht der Differenz zwischen allen Fällen mit Stein-ICD als Hauptdiagnose (Anm.: gleich Anzahl aller Fälle in der Kohorte) und allen Fällen (Anm.: der Kohorte, d.h. mit Stein-ICD als Hauptdiagnose) mit steinspezifischem OPS-Code.*
```{r aggregationKonservativ, echo=FALSE}
urolithEncounter.df1D <- FaelleVSAufnahmejahrKonservativ.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten)
```
#### Unterscheidung nach Jahr (Standort Freiburg)
```{r plotFaelleVSAufnahmejahrKonservativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Fällenbehandlung vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df1D,
aes(x = aufnahmeJahr.UrolithEncounter, y=nDistinct, fill = behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Anteil der rein konservativ behandelten Fälle") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Aufnahmejahr") +
# xlab("Admission year") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung")
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/1d", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSAufnahmejahrKonservativRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
urolithEncounter.df1D.percent.perYear <- FaelleVSAufnahmejahrKonservativ.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "aufnahmeJahr.UrolithEncounter",
percentageValueIn = TRUE)
# Plot Fällenbehandlung vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df1D.percent.perYear,
aes(x = aufnahmeJahr.UrolithEncounter, y=nPercent, fill = behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Anteil der rein konservativ behandelten Fälle") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Aufnahmejahr") +
# xlab("Admission year") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung")
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/1d_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
#### Unterscheidung nach Altersgruppen und Geschlecht
```{r plotFaelleVSAltersgruppenKonservativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df1D,
aes(x = ageGroup, y=nDistinct, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Anteil der rein konservativ behandelten Fälle") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Altersgruppe") +
# xlab("Age group") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung")
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/1d_ageGroup", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSAltersgruppenKonservativRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
urolithEncounter.df1D.percent.perAgeGroup <- FaelleVSAufnahmejahrKonservativ.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "ageGroup",
percentageValueIn = TRUE)
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df1D.percent.perAgeGroup,
aes(x = ageGroup, y=nPercent, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Anteil der rein konservativ behandelten Fälle") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Altersgruppe") +
# xlab("Age group") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung")
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/1d_ageGroup_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSGeschlechtKonservativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df1D,
aes(x = sexCode, y=nDistinct, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Anteil der rein konservativ behandelten Fälle") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Geschlecht") +
# xlab("Gender") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung")
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4d_sexCode", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSGeschlechtKonservativRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
urolithEncounter.df1D.percent.perSexCode <- FaelleVSAufnahmejahrKonservativ.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "sexCode",
percentageValueIn = TRUE)
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df1D.percent.perSexCode,
aes(x = sexCode, y=nPercent, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Anteil der rein konservativ behandelten Fälle") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Geschlecht") +
# xlab("Gender") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung")
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4d_sexCode_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
## Frage 4 Therapien
### Welchen Therapien werden in welcher Häufigkeit (Fallzahl) an den Zentren durchgeführt?
#### Grobe Aufteilung
```{r therapien, echo=FALSE}
# df4A <- FaelleVSAufnahmejahrTherapien(nierensteine.rohdaten)
urolithEncounter.df4A <- FaelleVSAufnahmejahrTherapien.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten)
```
##### Unterscheidung nach Jahr (Standort Freiburg)
```{r plotFaelleVSAufnahmejahrTherapien, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Fällenbehandlung vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4A,
aes(x = aufnahmeJahr.UrolithEncounter, y=nDistinct, fill = behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Aufnahmejahr") +
# xlab("Admission year") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4a", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSAufnahmejahrTherapienRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Fällenbehandlung vs. Aufnahmejahr (HD)
urolithEncounter.df4A.percent.perYear <- FaelleVSAufnahmejahrTherapien.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "aufnahmeJahr.UrolithEncounter",
percentageValueIn = TRUE)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4A.percent.perYear,
aes(x = aufnahmeJahr.UrolithEncounter, y=nPercent, fill = behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Aufnahmejahr") +
# xlab("Admission year") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4a_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
##### Unterscheidung nach Altersgruppen und Geschlecht
```{r plotFaelleVSAltersgruppenTherapien, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4A,
aes(x = ageGroup, y=nDistinct, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Altersgruppe") +
# xlab("Age group") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4a_ageGroup", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSAltersgruppenTherapienRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
urolithEncounter.df4A.percent.perAgeGroup <- FaelleVSAufnahmejahrTherapien.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "ageGroup",
percentageValueIn = TRUE)
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4A.percent.perAgeGroup,
aes(x = ageGroup, y=nPercent, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Altersgruppe") +
# xlab("Age group") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4a_ageGroup_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSGeschlechtTherapien, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4A,
aes(x = sexCode, y=nDistinct, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Geschlecht") +
# xlab("Gender") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4a_sexCode", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSGeschlechtTherapienRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
urolithEncounter.df4A.percent.perSexCode <- FaelleVSAufnahmejahrTherapien.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "sexCode",
percentageValueIn = TRUE)
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4A.percent.perSexCode,
aes(x = sexCode, y=nPercent, fill=behandlungsart))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Geschlecht") +
# xlab("Gender") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4a_sexCode_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
#### Feine Aufteilung
```{r therapienFeineAufteilung, echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
urolithEncounter.df4B <- FaelleVSAufnahmejahrTherapienFein.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten)
```
##### Unterscheidung nach Jahr (Standort Freiburg)
```{r plotFaelleVSAufnahmejahrTherapienFeineAufteilung, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, fig.width = 12}
# Plot Fällenbehandlung vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4B,
aes(x = aufnahmeJahr.UrolithEncounter, y=nDistinct, fill = OPS))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Aufnahmejahr") +
# xlab("Admission year") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4b", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSAufnahmejahrTherapienFeineAufteilungRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, fig.width = 12}
urolithEncounter.df4B.percent.perAufnahmeJahr <- FaelleVSAufnahmejahrTherapienFein.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "aufnahmeJahr.UrolithEncounter",
percentageValueIn = TRUE)
# Plot Fällenbehandlung vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4B.percent.perAufnahmeJahr,
aes(x = aufnahmeJahr.UrolithEncounter, y=nPercent, fill = OPS))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Aufnahmejahr") +
# xlab("Admission year") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4b_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
##### Unterscheidung nach Altersgruppen und Geschlecht
```{r plotFaelleVSAltersgruppenTherapienFeineAufteilung, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, fig.width = 12}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4B,
aes(x = ageGroup, y=nDistinct, fill=OPS))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Altersgruppe") +
# xlab("Age group") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4b_ageGroup", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSAltersgruppenTherapienFeineAufteilungRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, fig.width = 12}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
urolithEncounter.df4B.percent.perAgeGroup <- FaelleVSAufnahmejahrTherapienFein.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "ageGroup",
percentageValueIn = TRUE)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4B.percent.perAgeGroup,
aes(x = ageGroup, y=nPercent, fill=OPS))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Altersgruppe") +
# xlab("Age group") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4b_ageGroup_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSGeschlechtTherapienFeineAufteilung, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, fig.width = 12}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4B,
aes(x = sexCode, y=nDistinct, fill=OPS))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Geschlecht") +
# xlab("Gender") +
ylab("Anzahl der Fälle") +
# ylab("Number of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4b_sexCode", ".png"), dpi=300)
}
```
```{r plotFaelleVSGeschlechtTherapienFeineAufteilungRelativ, echo = FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, fig.width = 12}
# Plot Anzahl der Fälle vs. Aufnahmejahr (HD)
urolithEncounter.df4B.percent.perSexCode <- FaelleVSAufnahmejahrTherapienFein.UrolithEncounter(nierensteine.rohdaten,
percentageSubjectVarNameIn = "sexCode",
percentageValueIn = TRUE)
plot.aJ <- ggplot(data = urolithEncounter.df4B.percent.perSexCode,
aes(x = sexCode, y=nPercent, fill=OPS))
plot.aJ +
geom_bar(stat = "identity", alpha=0.7) +
# ggtitle("") +
ggtitle("Gegenüberstellung der Häufigkeit (Fallzahl) von\n verschiedenen Therapien (ggf. Überlappung)") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
xlab("Geschlecht") +
# xlab("Gender") +
ylab("Relativer Prozentsatz der Fälle") +
# ylab("Relative percentage of cases") +
labs(fill="Art der Behandlung") +
# scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = "D") +
scale_fill_viridis(discrete = TRUE)
if(1 == kSavePlots) {
ggsave(paste0("./results/4b_sexCode_nPercent", ".png"), dpi=300)
}
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